Wprowadzenie za sprawą Polskiego Ładu nowych systemów naliczania składki zdrowotnej przywróciło atrakcyjność spółki komandytowej jako wehikułu dla działalności gospodarczej przez osoby fizyczne. Odkąd spółka ta została opodatkowana podatkiem dochodowym od osób prawnych (CIT) zyski jej wspólników przestały być przychodami z działalności gospodarczej, a stały się przychodami kapitałowymi (opodatkowanymi zryczałtowanym podatkiem w wysokości 19%), od których nie nalicza się składki zdrowotnej. W 2022 roku wspólnicy spółki komandytowej zapłacą zatem składkę zdrowotną w wysokości 9% przeciętnego wynagrodzenia w czwartym kwartale 2021 roku (ok. 530 zł), a nie w wysokości 4,9% („liniowcy) lub 9% („skalowcy”) dochodu z tej spółki.
Za mankament spółki komandytowej uważano przynajmniej tymczasowe podwójne opodatkowanie (9% lub 19% CIT i 19% PIT), wynikające z przypisywanej tej spółce powinności – oprócz uiszczania zaliczek podatkowych na CIT spółki – pobierania i uiszczania zaliczek na podatek PIT od zaliczek z zysku wspólników przed końcem roku podatkowego. W 2021 roku Wojewódzkie Sądy Administracyjne w kilku wyrokach orzekły jednakże, że dopóki dochód roczny spółki komandytowej nie jest ustalony, podatku PIT od zaliczek wspólników nie należy pobierać ani odprowadzać. Klarownie uzasadnił to WSA w Gdańsku w wyroku z dn. 10 listopada 2021r. (sygn.. akt I SA/Gd 1126/21):
„Jednym z warunków przekształcenia obowiązku podatkowego w zobowiązanie podatkowe jest to, że podatnik jest w stanie określić wysokość należnego do zapłaty podatku. Bez istnienia tego elementu nie można zasadnie twierdzić, że powstało zobowiązanie podatkowe, prowadzące do konieczności zapłaty podatku. W konsekwencji, jeżeli płatnik ma obowiązek pobrania podatku powinien posiadać dane niezbędne do jego wyliczenia, czyli musi znać jego wysokość. Obowiązek poboru podatku przez płatnika nastąpi zatem wówczas, gdy obowiązek podatkowy przekształci się w zobowiązanie podatkowe. Bez takiego przekształcenia, płatnik nie będzie mógł prawidłowo wywiązać się ze swojego obowiązku, gdyż nie będzie miał podstaw do określenia wysokości podatku, który powinien pobrać od podatnika i przekazać właściwemu organowi podatkowemu.
Obowiązek pobrania zryczałtowanego podatku od wypłat zysku komplementariuszowi przez spółkę, jako płatnika, jak wyżej wspomniano, nałożony został w art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. Jednoznacznie wynika z niego, że pobór zryczałtowanego podatku powinien nastąpić z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e. Ustawodawca wprost zatem wskazał w jaki sposób płatnik powinien obliczyć podatek. Nie wymaga szerszego uzasadnienia, że aby pobrać podatek od podatnika, płatnik powinien wcześniej dokonać prawidłowego jego obliczenia. Wobec powyższego spółka chcąc pobrać zryczałtowany podatek od wypłat komplementariuszowi udziału w zysku, powinna go wyliczyć z uwzględnieniem zasad przewidzianych w powyższym przepisie. […]
Jeżeli do obliczenia wysokości podatku od komplementariusza, zgodnie z art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f., konieczne jest poznanie wysokości podatku należnego spółki, to obowiązek podatkowy komplementariusza powstały z chwilą wypłaty mu zaliczki na poczet udziału w zyskach, przekształci się w zobowiązanie podatkowe w momencie obliczenia dochodu tej spółki na podstawie art. 19 u.p.d.o.p. Dopiero wówczas znana będzie wysokość podatku do zapłaty przez komplementariusza. W konsekwencji w tym momencie płatnik będzie mógł zrealizować swój obowiązek w postaci obliczenia podatku, zaś w dalszej kolejności pobrania go i wpłacenia właściwemu organowi podatkowemu.
Tylko w taki sposób płatnik zrealizuje wynikający z art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. obowiązek pobrania podatku z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e u.p.d.o.f. Wypłacając komplementariuszom w trakcie roku podatkowego zaliczki na poczet zysku, spółka komandytowa nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, o którym mowa w art. 30a ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. Ustawodawca w zakresie tego podatku nie wprowadził obowiązku pobierania zaliczek przez płatnika, zaś obliczenie wysokości podatku powinno odbywać się według zasad określonych w art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. Jest to natomiast możliwe dopiero po obliczeniu podatku należnego spółki komandytowej za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany.”
Po zakończeniu roku podatkowego podatek PIT wspólników pomniejsza się odpowiednio do ich udziałów w dochodzie o zapłacony już CIT, a zatem unika podwójnego opodatkowania. Dodatkowa premią – co istotne przy wysokich zyskach ze spółki komandytowej – jest brak daniny solidarnościowej.